परमाणु ऊर्जा आयोग की स्थापना पहली बार अगस्त 1948 में वैज्ञानिक अनुसंधान विभाग में की गई थी, जिसे कुछ महीने पहले जून 1948 में बनाया गया था। परमाणु ऊर्जा विभाग (डीएई) की स्थापना 3 अगस्त, 1954 को प्रधान मंत्री के प्रत्यक्ष प्रभार के तहत की गई थी। राष्ट्रपति के आदेश के माध्यम से मंत्री। इसके बाद, 1 मार्च, 1958 के एक सरकारी संकल्प के अनुसार, परमाणु ऊर्जा विभाग में परमाणु ऊर्जा आयोग (एईसी) की स्थापना की गई। प्रधान मंत्री (दिवंगत पंडित जवाहरलाल नेहरू) ने भी इस संकल्प की एक प्रति लोकसभा के पटल पर 24 मार्च, 1958 को रखी। (PDF 758 KB)
एईसी के गठन के संकल्प के अनुसार, परमाणु ऊर्जा विभाग में भारत सरकार के सचिव आयोग के पदेन अध्यक्ष होते हैं। एईसी के अन्य सदस्यों को प्रत्येक कैलेंडर वर्ष के लिए अध्यक्ष, एईसी की सिफारिश पर और प्रधान मंत्री के अनुमोदन के बाद नियुक्त किया जाता है।